使用nPOPOP进行多重化单细胞蛋白质组的大量并行样本制备
Andrew Leduc1, Luke Khoury2, Joshua Cantlon3
1Departments of Bioengineering, Biology, Chemistry and Chemical Biology, Single Cell Proteomics Center, and Barnett Institute, Northeastern University, Boston, MA, USA. leduc.an@northeastern.edu.
Nature protocols
|August 8, 2024
概括
我们开发了纳米蛋白质样品制备 (nPOP) 用于高通量单细胞蛋白质学. 这种方法可以在数千个细胞中准确量化蛋白质,从而提高了蛋白质组分析的可扩展性.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- 使用质谱法 (MS) 的单细胞蛋白质组学提供了高的特异性和灵敏性.
- 目前的方法在分析大量单个细胞时面临吞吐量限制.
研究的目的:
- 开发一种高通量方法,用于单细胞蛋白质组样本的制备.
- 为了使成千上万个单细胞的并行处理用于多重性多发性硬化症分析.
主要方法:
- 在玻璃幻灯片上使用纳米升体积液滴开发了纳米蛋白质样品制备 (nPOP).
- 实施nPOP与plexDIA (非同位体标签) 和同位体标签用于多重MS.
- 利用一个细胞分配机器人 (CellenONE) 和随时可用的耗材.
主要成果:
- 使用plexDIA. 精确量化每个人细胞的3,000-3,700个蛋白质.
- 分析了1,827个单细胞,每天>1,000个细胞,800-1,200个蛋白质/细胞深度,使用异标签.
- nPOP协议需要1-2天的时间来准备>3,000个单细胞.
结论:
- nPOP显著增加了单细胞蛋白质组的吞吐量.
- 该协议灵活,可扩展,适用于各种MS方法.
- 质量控制软件 (QuantQC R包) 支持强大的数据分析和扩展.
