用升级的Sipros算法进行蛋白质稳定同位素探测,以改进同位素标记蛋白质的识别和量化
Yi Xiong1, Ryan S Mueller2, Shichao Feng3
1School of Biological Sciences, University of Oklahoma, Norman, OK, USA.
Microbiome
|August 8, 2024
概括
升级的Sipros 4算法通过提高标记蛋白质的识别和定量精度,显著提高了蛋白质稳定同位素探测 (SIP). 这一进步使复杂的微生物社区分析更容易获得和更有效.
科学领域:
- 微生物生态学 微生物生态学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 蛋白质稳定同位素探测 (SIP) 使用标记的同位素在微生物群体中追踪基质同化.
- Sipros算法有助于识别标记的蛋白质和量化蛋白质SIP中的同位素丰富.
研究的目的:
- 升级Sipros算法以进行增强的蛋白质组SIP分析.
- 为了提高标记蛋白质的识别,同位素丰富量化和数据库搜索速度.
主要方法:
- 将Sipros 4与Sipros 3,Calisp和MetaProSIP进行比较,使用标准的大肠杆菌培养物与不同13C缩水平.
- 基于识别号码,准确度和精度的性能评估,原子%量化.
- 在现实世界土壤社区13C-SIP实验中评估计算速度和灵敏度.
主要成果:
- 在识别标记蛋白质和量化缩方面,Sipros 4的性能优于现有的工具 (Calisp,MetaProSIP),特别是在>= 5原子% 13C标签下.
- Sipros 4的计算速度超过Sipros 3的20倍,与其他管道相匹配.
- 在土壤微生物社区实验中观察到对标记蛋白质检测的敏感性增加.
结论:
- Sipros 4显著提高了蛋白质SIP结果的质量.
- 增强的算法降低了计算成本,使蛋白质 SIP 更容易获得.
- Sipros 4 便于在复杂的环境中将标记的基质跟踪到微生物.
