储存条件对从乳牛收集的便样本微生物群的影响
Ana S Jaramillo-Jaramillo1, J T McClure1, Henrik Stryhn1
1Department of Health Management, Atlantic Veterinary College, University of Prince Edward Island, Charlottetown, Prince Edward Island, Canada.
PloS one
|August 9, 2024
概括
乳牛便微生物群分析对储存非常敏感. 与立即冷相比,七天的冷藏或乙醇保存显著改变了细菌群体的组成和多样性.
科学领域:
- 兽医微生物学 兽医微生物学
- 微生物生态学 微生物生态学
- 动物科学动物科学
背景情况:
- 了解乳牛肠道微生物群对于动物健康和生产力至关重要.
- 标准化样本保存方法对于可靠的微生物群分析至关重要.
- 不同的储存条件对便微生物群完整性的影响尚未得到充分证实.
研究的目的:
- 调查不同储存条件对乳牛便微生物群多样性的影响.
- 为了比较立即冷,短期冷和乙醇保存对微生物社区指标的影响.
- 确定最佳的样本处理协议,以准确地分析微生物群.
主要方法:
- 来自奶牛的便样本经过了四种储存条件:立即冷 (-80°C),冷藏 (4°C3天和7天) 和乙醇保存.
- 使用16S rRNA基因测序分析了微生物组的组成.
- 计算了α多样性 (Shannon,Pielou,观察特征,Faith PD) 和β多样性 (Bray-Curtis,βw,加权UniFrac) 的结果.
- 统计分析包括线性混合模型和PERMANOVA来评估存储效应.
主要成果:
- 七天的冷藏和乙醇保存显著改变了香农多样性指数和社区组成.
- 三天和七天的冷藏影响了Pielou的均性,表明物种分布的变化.
- 乙醇的保存影响了观察到的特征和Faith的遗传多样性.
- 所有测试的储存条件,除了3天的冷藏,与立即冷相比,显著改变了β多样性指标 (Bray-Curtis,βw,加权UniFrac).
- 根据储存方法,PERMANOVA证实了微生物群结构的显著差异.
结论:
- 建议在-80°C处立即冷,以保持乳牛便微生物群的完整性.
- 最长三天的冷藏影响很小,但七天的冷藏显著改变了微生物特征.
- 乙醇的保存也导致微生物群分析的显著变化.
- 仔细考虑样本储存条件对于乳牛微生物群研究的有效性和可重复性至关重要.
