对一种针对氧化低密度脂蛋白的新型体的计算和实验研究
Soemwit Khongwichit1, Aekkaraj Nualla-Ong2, Napat Prompat3
1Faculty of Medical Technology, Prince of Songkla University, Songkhla, 90110, Thailand; Division of Biological Science, Faculty of Science, Prince of Songkla University, Songkhla, 90110, Thailand.
Computers in biology and medicine
|August 9, 2024
概括
这项研究确定了aptamer AP11与氧化apob100的高亲和力,这是冠状动脉疾病的生物标志物. AP11显示了新型诊断工具和预防疗法的潜力.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分子生物学分子生物学
- 心血管研究研究心血管研究
背景情况:
- 氧化低密度脂蛋白 (oxLDL) 是动脉样硬化斑块形成的关键因素,也是冠状动脉疾病的早期生物标志物.
- 脂蛋白B100 (apoB100) 是LDL和oxLDL中的关键蛋白质,使其成为了解疾病机制的目标.
- 开发针对冠状动脉疾病的向诊断和治疗需要理解与oxLDL的分子相互作用.
研究的目的:
- 使用计算方法识别具有与氧化apoB100高结合亲和度的aptamer.
- 评估已识别的aptamers作为冠状动脉疾病的诊断和治疗药物的潜力.
主要方法:
- 进行了分子对接和分子动力学模拟,以评估结合 afinities.
- 使用MM/GBSA方法计算了胺体与目标相互作用的结合自由能量.
- 一个基于aptamer的金纳米粒子 (AuNP) 聚合试验进行了验证结合亲和力实验.
主要成果:
- 11号 (AP11) 呈现出 -149.08 kcal/mol的强大的结合自由能量,与氧化apoB100.
- 分子动力学揭示了AP11和氧化的apoB100之间显著的键相互作用.
- 在AuNP测定中,AP11显示出明显的颜色变化,证实了与oxLDL的强烈结合亲和力.
结论:
- 阿帕特默AP11对氧化apob100具有很高的亲和力,通过计算和实验方法验证了这一点.
- AP11作为冠状动脉疾病诊断应用的新型识别元素具有前途.
- 这些发现表明AP11对未来心血管疾病的预防疗法的潜在贡献.
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