使用定量蛋白质学和机器学习,确定COL3A1作为参与肥胖和腹之间交叉交流的候选蛋白质
Yan Wang1, Xiangyao Wang2, Xiaotong Niu3
1Nankai University School of Medicine, Nankai University, Tianjin, 300071, China; Department of Gastroenterology, The First Medical Center of Chinese PLA General Hospital, Beijing, 100853, China.
European journal of pharmacology
|August 10, 2024
概括
肥胖和慢性腹涉及改变的细胞外基质 (ECM) 蛋白质. 原α-1(III) 链 (COL3A1) 在肠道平衡中起着关键作用,影响紧密的结点和ECM相互作用.
科学领域:
- 胃肠病学 胃肠病学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 流行病学研究将肥胖与慢性腹联系起来,但确切的原因尚不清楚.
- 了解与肥胖相关的慢性腹背后的分子机制对于开发向疗法至关重要.
研究的目的:
- 为了研究肥胖和慢性腹 (OD) 患者与肥胖 (OB) 和健康对照人群相比,他们内组织中的蛋白质组差异.
- 通过全面的蛋白质组学和生物信息学分析,识别涉及OD病变的关键蛋白质和途径.
主要方法:
- 在OD (n=33),OB (n=10) 和对照组 (n=8) 的头骨组织上的数据独立获取 (DIA) 蛋白质组学.
- 路径丰富,蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络分析,以及对差异表达蛋白质 (DEP) 的机器学习.
- 用西方斑块,免疫组织化学 (IHC) 和体外细胞实验验证候选蛋白 (COL3A1) 的验证.
主要成果:
- 确定了189个DEP (OD与对照) 和228个DEP (OD与OB),在细胞外矩阵 (ECM) 组织中进行丰富.
- 下调的DEP涉及紧密结和ECM受体相互作用.
- 机器学习确定了COL3A1作为核心蛋白质;它的敲击影响了肠道细胞中的紧结蛋白质.
结论:
- 对OD患者的蛋白质基因分析揭示了对疾病发病的洞察力.
- 通过ECM受体相互作用,COL3A1与肥胖和肠道平衡之间的相互作用有关.
- 研究结果强调了COL3A1作为肥胖相关慢性腹的潜在治疗点.
