嵌套PCR有效检测动物样本中SARS-CoV-2的低病毒载量
Carlos Javier Panei1, Nadia Analía Fuentealba1, María Emilia Bravi1
1Laboratorio de Virología, Facultad de Ciencias Veterinarias (FCV), Universidad Nacional de La Plata (UNLP), 60 & 118, La Plata, Buenos Aires, Argentina; Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), (C1425FQB), Godoy Cruz 2290, Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Argentina.
Preventive veterinary medicine
|August 11, 2024
概括
一种新的嵌套PCR试验有效地检测了动物样本中的SARS-CoV-2,为实时RT-PCR提供了一个具有成本效益的替代方案,用于大规模监测. 这种方法实现了高灵敏度和特异性,这对于监测动物感染潜力至关重要.
科学领域:
- 兽医病毒学 兽医病毒学
- 分子诊断学 分子诊断
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- SARS-CoV-2 (严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2) 构成严重的动物感染威胁,需要对动物群体进行强有力的监测.
- 实时RT-PCR (逆转录聚合酶连锁反应) 是SARS-CoV-2检测的黄金标准,但对于广泛的动物采样来说是昂贵的.
- 嵌套PCR提供了一种潜在的更实惠的方法来检测动物中的SARS-CoV-2,有助于监测病毒传播.
研究的目的:
- 为验证在动物 (狗和猫) 和人类样本中检测SARS-CoV-2的嵌套PCR试验.
- 与实时RT-PCR相比,评估嵌套PCR试验的灵敏度,特异性和检测极限 (LoD).
- 评估嵌套PCR用于大规模动物SARS-CoV-2监测的成本效益.
主要方法:
- 140个动物 (狗和猫) 和40个先前通过实时RT-PCR测试的人类样本,使用针对N基因的经过验证的嵌套PCR试验进行了分析.
- 使用对犬类冠状病毒 (CCV) 和猫类传染性周周炎病毒 (FIPV) 阳性样本确认了特异性.
- 通过推断实时RT-PCRCt值来估计检测极限 (LoD),并使用卡帕统计学来评估测试之间的一致性.
主要成果:
- 嵌套PCR检测检测到15个先前阳性动物样本中的11个和所有40个人类样本中的SARS-CoV-2.
- 该试验显示了大约95%的灵敏度和100%的特异性,没有与CCV或FIPV的交叉反应.
- 估计的LoD约为50副本/μL (Ct 31.5),卡帕值表明嵌套和实时RT-PCR之间有很好的一致性 (k = 0.829).
结论:
- 嵌套PCR是一种可靠和敏感的检测SARS-CoV-2的方法,特别有用在动物群体中识别低病毒载荷.
- 这种试验为实时RT-PCR提供了具有成本效益的替代方案,促进了广泛的动物采样和监测动物性SARS-CoV-2传播.
- 经过验证的嵌套PCR试验支持增强的监测策略,以减轻与动物中的SARS-CoV-2相关的风险.
