RESP2:一个意识到不确定性的多目标多属性优化AI管道,用于抗体发现
Jonathan Parkinson1,2, Ryan Hard1, Young Su Ko1
1Department of Chemistry and Biochemistry, University of California, San Diego, La Jolla, CA 92093-0359.
bioRxiv : the preprint server for biology
|August 12, 2024
概括
在RESP2管道中发现了对多种病原体变异具有高度亲和力的治疗抗体. 这种增强的计算工具在识别强大的抗体候选人方面显著超过了生成AI.
科学领域:
- 生物技术是生物技术.
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 发现传染病治疗抗体是具有挑战性的,因为病原体的突变.
- 抗体需要对多个抗原变体具有很高的亲和力,以及最佳的开发能力.
研究的目的:
- 为了介绍RESP2,用于发现治疗抗体的增强计算管道.
- 为了同时优化对多个抗原和可开发性质的抗体发现.
主要方法:
- 在Silico评估使用绝对! 一个数据库.一个数据库.一个数据库.
- 在COVID-19尖端蛋白受体结合域 (RBD) 上测试RESP2.
主要成果:
- RESP2确定了抗体序列,具有对抗原的优越结合亲和力 (>= 85%的成功率).
- 在相同的数据集上,生成性AI方法的成功率为1.5%或更低.
- 一种新型的人类抗体对至少8种COVID-19 RBD变种表现出广泛的结合.
结论:
- RESP2为发现针对突变病原体等具有挑战性的目标的抗体提供了显著的优势.
- 该管道作为一个开源的Python包,用于更广泛的研究使用.
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00:42Cross-reactivity
Overview
01:28Diversity of Antigen Receptors
Antigen receptors are essential components of the immune system crucial in defending the body against foreign invaders. These receptors are present on the surface of B and T cells, enabling them to recognize antigens and mount an appropriate immune response.
Before encountering any antigen, lymphocytes express these receptors. On B cells, the antigen receptor is a membrane-bound antibody molecule called BCR; on T cells, it is a T cell receptor or TCR. B and T cell receptors are composed of two...
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