简单的协议,用于在小型节肢动物中联合提取表皮分泌物和RNA

科学领域:

• 节肢动物生物学
• 分子生态学分子生态学
• 生物化学 生物化学

背景情况:

• 节肢动物的外分泌物对生态和进化过程至关重要,它们起着作为激素,防御化合物和保护剂的作用.
• 传统的方法,如气体染色学和质谱学,为这些分泌物提供了特征,而RNA测序 (RNAseq) 则分析基因表达.

研究的目的:

• 引入一种新的,综合的方法方法来表征同一个关节动物的外分泌物和完整的转录组.
• 评估混合化学和RNA提取工艺对样品质量的可行性和影响,以进行后续分析.

主要方法:

• 开发了一种新的协议,涉及化学提取外分泌物,然后从相同的单独的oribatid虫中提取RNA.
• 在联合提取过程后,评估了RNA完整性和转录组质量.
• 转录组数据是 de novo 组装的,并与仅用RNA 提取处理的样本进行比较.

主要成果:

• 在RNA提取之前的化学提取对RNA整体完整性影响最小.
• 从组合提取产生的de novo转录组质量与单独从RNA提取产生的转录组质量相当,这证实了其在植物转录组学研究中的使用.
• 分析表明化学提取对转录降解率的潜在影响,需要进一步调查.

结论:

• 这项研究成功地证明了从单个关节动物个体中分析化学分泌物和RNA表达水平的方法可行性.
• 这种综合方法为未来对关节动物生物化合物合成遗传基础的研究提供了一个强大的工具.
• 该方法预计将广泛适用于各种节肢动物群体,包括蜘蛛和昆虫.