在2022-2023年英国暴增期间Streptococcus pyogenes (StrepA) 非侵入性分离物的分子表征

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 流行病学 流行病学

背景情况:

• 在2022年底和2023年初,在英国报告了异常高水平的红热病和由Streptococcus pyogenes (StrepA) 引起的侵入性疾病.
• 杆菌 pyogenes,也被称为A组杆菌,是一个重要的细菌病原体,负责一系列的感染.

研究的目的:

• 在疾病发病率增加的时期调查非侵入性Streptococcus pyogenes分离物的基因组多样性和特征.
• 将当前的隔离物与历史数据进行比较,以确定菌株类型的变化和新兴的潜在驱动因素.

主要方法:

• 来自谢菲尔德的341个非侵入性喉和皮肤Streptococcus pyogenes分离物的收集和全基因组测序.
• 将2022-2023年分离数据与2016-2017年165个分离的数据进行比较.
• 对emm类型,血统多样性,囊位,预测的NADase和Streptolysin O (SLO) 表达的分析.

主要成果:

• 与喉相关的隔离物在2022年12月达到峰值,与红热病的激增保持一致,而皮肤感染在以后达到峰值.
• 在2022-2023年最常见的emm类型是emm1,emm12和emm22 (喉) 和emm1,emm12,emm76和emm49 (皮肤).
• 虽然emm1分离物属于M1_UK血统,但在其他emm类型中观察到不同的血统,包括一个新的囊型emm75血统,这表明激增并非由单个基因型驱动.
• 预计较高比例的皮肤隔离物 (78%) 与喉隔离物 (51%) 相比会产生囊.
• 预计90%的喉分离物具有高的NADase和SLO表达,而皮肤分离物则为56%.

结论:

• 菌 pyogenes 激增的特点是不同的 emm 类型和新兴的血统,而不仅仅是单一的主导基因型.
• 对非侵入性分离物的分析对于理解组织热带和基因组变化是有价值的.
• 识别变化的菌株多样性和基因组特征对于预测入侵性疾病潜力和未来的StrepA爆发至关重要.