一个同位素标记的时间质谱成像数据分析工作流程,以揭示牛肉透镜组织中的葡萄糖空间代谢模式
Dingchang Shi1, Angus C Grey2, George Guo1
1Department of Physiology, School of Medical Sciences, University of Auckland, 85 Park Rd, Grafton, Auckland, 1023, New Zealand.
Scientific reports
|August 13, 2024
概括
这项研究引入了一个生物信息学管道来分析复杂的动力质谱成像数据. 新方法有效地跟踪生物系统中的生化反应,改善稳定同位素标记的代谢物识别.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 稳定同位素标记 (SIL) 分子在矩阵辅助激光消化/电离质谱成像 (MALDI-MSI) 能够跟踪生物化学反应的动态随着时间的推移.
- 大量的动力MALDI-MSI数据集和生物变异性对快速数据分析和手动代谢物注释构成挑战.
研究的目的:
- 开发一个生物信息学管道,以有效分析时空MALDI-MSI数据.
- 提高复杂生物系统中稳定同位素标记 (SIL) 代谢物识别的速度和准确性.
主要方法:
- 一个生物信息学管道被开发和应用来分析正常的牛透镜葡萄糖代谢.
- 关键组件包括空间对齐以减轻样本变异性,降低代谢映射的维度,以及使用途径丰富模块进行代谢物注释.
主要成果:
- 该管道成功分析了来自牛肉透镜葡萄糖代谢的MALDI-MSI动态数据.
- 证明了样本变异性的缓解和区域代谢差异的快速映射.
- 能够对治疗诱导的代谢途径进行总结和显示.
结论:
- 开发的生物信息学管道有效地解决了分析时空MALDI-MSI数据的挑战.
- 它增强了时空代谢模式的快速表征,使空间代谢学社区受益.
