一种优化的高分辨率映射方法,用于在小鼠初级巨中结合葡萄糖皮质体受体-DNA
Suhail A Ansari1,2, Nina Henriette Uhlenhaut3,4,5
1German Center for Diabetes Research (DZD), Neuherberg, Germany. suhailakhtar.ansari@helmholtz-munich.de.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|August 14, 2024
概括
我们介绍了一种精简的ChIP-nexus协议,用于在骨髓衍生的巨细胞 (BMDM) 中高质量的葡萄糖皮质体受体 (GR) DNA结合分析,增强转录因子 (TF) 结合见解.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 染色体免疫沉后的外核酶消化 (ChIP-exo) 为绘制转录因子 (TF) 结合位点提供了高灵敏度和单基对分辨率.
- ChIP-nexus是ChIP-exo的先进,简化的版本,结合了独特的条形码和单一结合,通过DNA循环化实现高效的适配器结合.
研究的目的:
- 为生成下一代测序 (NGS) 准备的,高质量的ChIP-nexus库提供一个优化的协议.
- 特别适应ChIP-nexus方法,用于分析骨髓衍生巨细胞 (BMDM) 中的葡萄糖皮质体受体 (GR) 结合.
主要方法:
- 该协议涉及完整的BMDM细胞中的DNA-蛋白质交叉链接.
- 关键步骤包括染色体剪切,ChIP,适配器结合,兰巴外核酶消化,单链DNA净化和NGS的库放大.
主要成果:
- 描述的方法产生了高质量的ChIP-nexus库,适用于NGS分析.
- 该协议被优化为在BMDM细胞中强大的GR结合位点识别.
结论:
- 这种优化的ChIP-nexus协议为研究TF结合动态提供了可靠和高效的方法.
- 该方法可以在单核酸分辨率下对巨细胞中葡萄糖皮质素受体功能的详细研究.
