来自ClinGen ENIGMA BRCA1和BRCA2变异化专家小组的基因特异性ACMG/AMP变异分类的基于证据的建议

科学领域:

• 遗传学 遗传学 是一个
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 临床基因组学 临床基因组学

背景情况:

• 恩尼格玛联盟专注于对遗传性乳腺癌和卵巢癌基因的变体进行分类.
• 一个子组演变成了变异化专家小组 (VCEP),以与FDA认可的ClinVar.过程保持一致.
• 该VCEP旨在调整现有的BRCA1和BRCA2变体解释指南.

研究的目的:

• 审查和完善美国医学遗传学与基因组学学院/分子病理学协会 (ACMG/AMP) 对BRCA1和BRCA2变异的分类标准.
• 开发基因特异性标准和统计方法来校准证据强度.
• 提高遗传性乳腺癌和卵巢癌基因变异分类的准确性和一致性.

主要方法:

• 修订的ACMG/AMP分类标准适用于BRCA1和BRCA2.
• 利用统计方法对不同数据类型的证据的强度进行校准.
• 在现有ClinVar分类的40个试点变体上测试了修订后的规格.
• 根据广泛的数据分析,修订了标准描述和分配权重.

主要成果:

• 在最初的13个ACMG/AMP证据代码中,修改或重新使用了21个.
• 在26个测试的变体中,24个变体的分类成功解决或改善了分类的信心,分类不确定或冲突.
• 在现有研究流程和基准ACMG/AMP标准中发现了差距.

结论:

• 用统计方法校准的基因特异性标准对于准确的BRCA1和BRCA2变体分类至关重要.
• 开发的VCEP方法增强了ACMG/AMP指南在临床解释中的有用性.
• 这项工作提高了遗传性乳腺癌和卵巢癌风险评估变异分类的可靠性.