开发和评估一种基于LAMP的色度测试,以向Bacteroides HF183标志物,用于跟踪环境水中的污水污染
Mariah C A do Nascimento1, Wendy J M Smith2, Metasebia Gebrewold2
1CSIRO Environment, Ecosciences Precinct, 41 Boggo Road, QLD 4102, Australia; Department of Biology, São Paulo State University - UNESP, São José do Rio Preto, São Paulo 15054-000, Brazil.
Water research
|August 15, 2024
概括
一种新的色度循环介导同热放大 (cLAMP) 试验有效地检测水中的污水标记物. 虽然对低度的敏感性低于qPCR,但cLAMP对便污染的快速环境监测有希望.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 水质监测 监测水质 监测水质
- 分子诊断学 分子诊断学
背景情况:
- 由于肠道病原体,表面水被便污染对人类健康构成重大风险.
- 精确检测污水标记物对于评估水安全和管理污染至关重要.
- 像qPCR这样的现有方法需要专门的设备和专业知识,限制了广泛使用.
研究的目的:
- 开发和评估一种色度循环介导同热放大 (cLAMP) 试验,用于检测污水相关标记物 Bacteroides dorei HF183 (HF183).
- 为了将cLAMP试验的性能 (灵敏度和特异性) 与已建立的qPCR试验进行比较.
- 评估cLAMP在环境水样中跟踪污水污染的实用性.
主要方法:
- 开发一种针对HF183标记物的cLAMP试验.
- 在连续稀释中使用控制材料 (gBlocks) 进行性能评估.
- 使用未经处理的污水样本和污水播种的环境水样本进行测试.
- 使用70个非人类便核酸样本进行宿主特异性评估.
- 与Bacteroides HF183 qPCR试验进行比较.
主要成果:
- 在对照材料中,cLAMP检测到HF183低至0.001 pg/μL,尽管在所有稀释中,qPCR更敏感.
- 在未经处理的污水样本 (n=12) 中,cLAMP和qPCR都实现了100%的宿主灵敏度 (1.00) 来检测HF183.
- 使用非人类便样本的qPCR (0.64) 与qPCR (0.81) 相比,cLAMP表现出更高的宿主特异性.
- 对于两种方法,在污水播种的环境水样中观察到类似的检测灵敏度.
- 在环境样本中,cLAMP和qPCR之间发现了中等的一致性 (κ = 0.510),cLAMP偶尔缺少低度检测.
结论:
- cLAMP HF183测定是一种有前途的工具,用于快速和灵敏地检测水中的污水污染.
- 在特定的环境监测应用中,cLAMP为qPCR提供了可行的替代方案,特别是在优先考虑速度和简单的地方.
- 可能需要进一步优化,以改善低度样本的检测极限,提高其在各种监测场景中的实用性.
