dia-PASEF瘤和肌瘤的蛋白质组 LMD 丰富了从存档的HNSCC样本
Aswini Panigrahi1, Allison L Hunt2, Diego Assis3
1Department of Oncology, Lombardi Comprehensive Cancer Center, Georgetown University, Washington, DC 20057, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|August 16, 2024
概括
这项研究使用激光微剖析和蛋白质学来分析头部和部状细胞癌 (HNSCC) 的微环境. 研究结果揭示了瘤和肌层之间明显的蛋白质组差异,突出显示了HNSCC肌层中的细胞外基质.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 癌症生物学 癌症生物学
背景情况:
- 头部和部状细胞癌 (HNSCC) 是一种复杂的疾病.
- 了解瘤微环境对于HNSCC治疗至关重要.
- 蛋白质组分析提供了对细胞和树皮组成部分的洞察.
研究的目的:
- 在空间上解析和比较HNSCC中的瘤细胞和 stromal 隔间的蛋白质体.
- 为了识别HNSCC微环境中改变的关键蛋白质和途径.
- 建立一种可扩展的方法,从有限的组织输入中进行深度蛋白质组分析.
主要方法:
- 激光微解剖被用于从甲固定,嵌入的HNSCC组织中分离瘤和侧膜.
- 进行了基于定量质谱的蛋白质组学与数据独立获取.
- 实现了6668种蛋白质的蛋白质覆盖,具有很高的可重复性 (CV<10%).
主要成果:
- 在空间分离的瘤和筋膜区域之间观察到显著的功能途径差异.
- 侧膜区被丰富了细胞外基质 (ECM) 蛋白质.
- 癌症相关纤维细胞 (CAF) 标志性蛋白质在HNSCC层内被确定.
结论:
- 从低输入的HNSCC样本使用可扩展的方法进行深度蛋白质组分析是可行的.
- 可以破译瘤和肌层的独特蛋白质结构.
- 这种方法可以确定HNSCC分类和治疗干预的新目标.
