在固定的细胞和初级组织中的内源性RNA-蛋白相互作用的高灵敏度现场捕获
Qishan Liang1,2, Tao Yu2,3,4,5, Eric Kofman3,4,5,6
1Department of Chemistry and Biochemistry, University of California San Diego, La Jolla, CA, USA.
Nature communications
|August 16, 2024
概括
一种名为INSCRIBE的新方法精确地捕获了细胞内的RNA-蛋白相互作用. 这种技术可以在各种生物样本中识别RNA-binding蛋白 (RBPs) 的RNA结合位,即使是从最小的细胞输入.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物化学 生物化学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- RNA结合蛋白 (RBPs) 对于RNA代谢至关重要.
- 现有的方法很难在它们的原生细胞环境中捕捉RBP-RNA相互作用.
- 准确识别RBP-RNA相互作用对于理解基因调节和疾病至关重要.
研究的目的:
- 开发一种用于在现场敏感和特定捕获RBP-RNA相互作用的新方法.
- 为了使用可用的抗体来确定任何RBP的RNA结合部位.
- 促进在各种生物环境中研究RBP-RNA相互作用,包括珍贵的临床样本.
主要方法:
- 开发了INSCRIBE (在生物环境中对RNA-蛋白相互作用的现场敏感捕获).
- 使用纯化的APOBEC1-纳米体融合进行局部RNA标记,指向感兴趣的RBP.
- 将该方法应用于固定生物样本,如HEK293T细胞和小鼠大脑组织.
主要成果:
- INSCRIBE能够识别高度特定的RNA结合部位.
- 在原生细胞环境中成功识别了RBFOX2 (UGCAUG) 和TDP-43 (UGUGUG) 的正规结合基因.
- 从超低输入 (相当于~5个细胞) 中展示了RBP-RNA相互作用的敏感捕获.
结论:
- INSCRIBE是一个强大的,多功能和敏感的工作流程,用于捕获RBP-RNA相互作用.
- 该方法适用于任何具有可用的初级抗体的RBP.
- INSCRIBE使得在与RNA相关的疾病中探索真正的RBP-RNA相互作用成为可能,特别是在有限的样本材料中.
