针对腹腔大动脉动脉瘤的小分子化合物的探索,基于CMap数据库和分子动力学模拟

科学领域:

• 血管生物学 血管生物学
• 药理学 药理学是指药理学的学科.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 腹腔大动脉瘤 (AAA) 的生长带来了严重的破裂风险,需要新的药物治疗.
• 目前对AAA的治疗选择有限,这推动了对新药候选者的搜索.

研究的目的:

• 确定潜在的药物干预措施,以减轻腹腔大动脉瘤 (AAA) 的生长.
• 通过分析转录组数据和预测药物向相互作用,探索用于AAA治疗的新型治疗剂.

主要方法:

• 对AAA转录组数据的差异基因表达分析.
• 使用连接地图 (CMap) 对小分子及其目标的生物信息预测.
• 分子对接,动力学模拟和CETSA实验以验证药物标结合和稳定性.

主要成果:

• 在AAA中鉴定了2244个差异表达基因 (DEGs),富含氨酸结合和细胞循环途径.
• 亚比西丁作为向HDAC4的潜在治疗剂出现,具有强大的预测结合亲和力 (-8.218 kcal/mol) 和稳定的复合物形成.
• CETSA的实验证实了阿比西丁能够在细胞内结合HDAC4的能力.

结论:

• 在腹腔大动脉动脉瘤 (AAA) 的情况下,阿皮西丁有效抑制HDAC4.
• 该药物表现出有利的蛋白质-连接体相互作用和复杂的稳定性,将其定位为AAA药物治疗的有希望的候选人.