细菌基因组学用于柬埔寨国家抗菌素耐药性监测

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 公共卫生 公共卫生

背景情况:

• 低收入和中等收入国家 (LMICs) 的抗菌素耐药性 (AMR) 监测受到有限的实验室资源的挑战.
• 在柬埔寨,中央测序和基于云的生物信息技术已被实施,用于柬埔寨的国家抗菌耐药性监测.

研究的目的:

• 评估将先进的基因组工具整合到LMIC中的AMR监测中的可行性和实用性.
• 描述AMR基因配置文件并确定柬埔寨公共卫生重要性的细菌菌株.

主要方法:

• 在2021年1月至2022年10月期间,从六家柬埔寨医院收集了血液培养物.
• 在国内进行了细菌分离物的射击枪DNA测序.
• 利用公共数据库进行病原体识别,AMR基因表征和基于全基因组的类型化.

主要成果:

• 确定了耐药基因的高患病率:诺基诺 (59%),TMP/SMX (45%),氨基糖化物 (52%).
• 检测到扩展谱β-乳糖酶 (ESBL) 基因 (34%),特别是大肠杆菌STs 131和1193中的blaCTX-M变体.
• 发现的卡巴酶基因 (12%) 主要在阿辛托巴克特物种中 (例如,blaOXA-23,blaNDM-1).
• 遗传学分析揭示了克隆的Acinetobacter baumannii菌株,表明了医院疫情和耐药沙门氏菌和大肠杆菌集群,表明社区传播.

结论:

• 可访问的测序平台和开源生物信息解决方案可以有效地补充LMICs中的AMR监测.
• 基因组方法为AMR流行病学提供了宝贵的见解,包括疫情检测和传播模式.