使用重复的神经网络来检测导致爆发性疾病的真菌菌株中的超数染色体

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 菌类学 菌类学是指菌类学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 麦格纳波特 (Magnaporthe oryzae) 在包括主要作物在内的草中引起毁灭性的爆发性疾病.
• 基因组包含核心染色体和潜在的移动迷你染色体,这可能有助于效应基因转移.

研究的目的:

• 开发一种用于检测M. oryzae菌株中的小染色体的方法.
• 调查M. oryzae种群中迷你染色体的流行和分布.

主要方法:

• 经常性神经网络 (RNN) 模型被训练来分类来自核心和迷你染色体的DNA序列.
• 经过训练的RNN模型被应用于来自全球M. oryzae分离物的短读DNA序列.

主要成果:

• 这些RNN模型可靠地预测了M. oryzae分离物中迷你染色体的存在.
• 发现迷你染色体普遍存在,特别是在最近的小麦分离物中,并且在1991年之前的分离物中不存在.
• 这项研究确定了源自小染色体的组装结合体.

结论:

• 通过使用RNN建立了使用RNN进行DNA序列分类的强大方法.
• 这些发现表明,最近M. oryzae中迷你染色体的流行率有所增加,可能是由于选择.
• 这项工作证明了预测基因组学在理解真菌染色体动态方面的实用性.