开发分子分类器来检测环境压力因素,smolt阶段和coho鱼的发病率,Oncorhynchus kisutchch
Arash Akbarzadeh1, Tobi J Ming2, Angela D Schulze2
1Pacific Biological Station, Fisheries and Oceans Canada, 3190 Hammond Bay Rd, Nanaimo, BC V9T 6N7, Canada; Department of Fisheries, Faculty of Marine Science and Technology, University of Hormozgan, Bandar Abbas, Iran.
The Science of the total environment
|August 21, 2024
概括
这项研究开发了一种基因组工具,用于检测鱼的环境压力因素,准确预测热,缺氧和盐度压力. 发现De-smolts对联合压力因素高度敏感,增加死亡风险.
科学领域:
- 环境科学环境科学
- 基因组学就是基因组学.
- 水产养殖是水产养殖的一种方式.
背景情况:
- 气候变化加剧了水生物种的环境压力因素.
- 在野生鱼类中检测生理应激反应仍然具有挑战性.
- 分子工具正在进步,但需要现场应用验证.
研究的目的:
- 使用基因组数据开发可预测的分类器,用于科霍鱼的环境压力因素.
- 评估对盐度,热量和缺氧压力的转录反应.
- 调查火烧阶段和生理状态对压力反应和死亡率的影响.
主要方法:
- 应用多重压力挑战试验对科霍鱼.
- 利用"鱼Fit-Chips"基因组工具进行转录分析.
- 使用随机森林 (RF) 分类模型,使用4-12个生物标志物.
- 确定压力因素恢复时间和分析死亡风险因素.
主要成果:
- 射频分类器在预测热,缺氧和盐度压力,烟雾状况和发病率方面达到86.8%-100%的准确性.
- 从热和低氧压力中恢复大约分别需要3天和2天.
- 在暴露于度,温度和缺氧压力因素的同时,消体的死亡率显著增加 (增加了9倍),这表明了协同效应.
结论:
- 基因组工具和射频模型可以在现场条件下准确地检测鱼的环境压力因素和生理状态.
- 化场实践和释放时间必须考虑到脱物对气候引起的压力因素的高度脆弱性.
- 了解协同压力因素的影响对于在气候变化中保护和管理科霍鱼至关重要.
相关概念视频
02:32Osmoregulation in Fishes
When cells are placed in a hypotonic (low-salt) fluid, they can swell and burst. Meanwhile, cells in a hypertonic solution—with a higher salt concentration—can shrivel and die. How do fish cells avoid these gruesome fates in hypotonic freshwater or hypertonic seawater environments?
02:02Responses to Salt Stress
Salt stress—which can be triggered by high salt concentrations in a plant’s environment—can significantly affect plant growth and crop production by influencing photosynthesis and the absorption of water and nutrients.