来自墨西哥本土豆的RADseq数据集
Aragón-Magadán Marco Aurelio1, Cruz-Cárdenas Carlos Iván1, Calvillo-Aguilar Francisco Fabián1
1National Genetic Resources Center, National Institute of Forestry, Agricultural and Livestock Researches, Jalisco, México.
Data in brief
|August 22, 2024
概括
45个Phaseolus加入的RAD测序产生了97,103个共享的SNP. 这些遗传数据支持各种研究,包括Phaseolus物种的遗传多样性,进化和作物改进.
科学领域:
- 农业科学 农业科学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 类Phaseolus,包括重要的粮食作物,如常见豆类,需要全面的遗传特征.
- 墨西哥国家遗传资源中心 (CNRG) 保持着一个有价值的正统种子收集Phaseolus accessions.
研究的目的:
- 使用RADseq技术对各种Phazeolus物种进行测序.
- 识别共享的单核酸多态 (SNP) 用于遗传分析.
- 为未来的Phaseolus遗传学和育种研究提供基础数据集.
主要方法:
- 在 45 个从 CNRG 加入的 Phaseolus 上进行了 RAD 测序 (RADseq).
- 变种呼叫文件 (VCF) 是使用GATK管道生成的.
- 分析使用P. vulgaris参考基因组 (GCF_000499845.1) 进行SNP识别.
主要成果:
- 在多个Phaseolus物种中成功识别了97,103个共享单核酸多态 (SNP).
- 从45个加入中生成了一个全面的SNP数据集,包括P. acutifolius,P. coccineus,P. lunatus,P. dumosus,P. leptostachyus,P. filiformis,以及P. vulgaris.
- 测序数据为该属提供了高分辨率的遗传地图.
结论:
- 生成的SNP数据是探索Phaseolus属内的物种内和物种间遗传多样性的宝贵资源.
- 这些发现支持未来的研究,包括植物遗传学,进化,遗传资源保护和农业改进Phaseolus作物.
- 这项研究强调了RADseq在作物收集中快速且具有成本效益的遗传标记物发现的实用性.
