从大型基因组集合中实时识别SARS-CoV-2的表观相互作用
Gabriel Innocenti1,2,3, Maureen Obara4, Bibiana Costa4
1Institute for Molecular Bacteriology, TWINCORE Centre for Experimental and Clinical Infection Research, a joint venture between the Hannover Medical School (MHH) and the Helmholtz Centre for Infection Research (HZI), Hannover, Germany.
基因组流行病学使用相互的信息来预测SARS-CoV-2 (严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2) 病变. 这种方法可以快速识别已知和新出现的变种,有助于公共卫生监测.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 基因组流行病学对于跟踪病原体进化和为公共卫生战略提供信息至关重要.
- SARS-CoV-2 Omicron 变种突出显示了表皮病在病毒进化中的作用,强调了先进监测的必要性.
- 早期检测具有增强感染力和免疫逃脱力的进化血统是必不可少的.
研究的目的:
- 开发和验证一种用于预测病毒序列中的表皮性相互作用的计算方法.
- 评估该方法近乎实时检测新出现的病毒变异的能力.
- 证明该方法对实验验证候选人的优先级的实用性.
主要方法:
- 基于相互信息的方法应用于大规模的多重序列对齐.
- 从2020年3月到2023年3月对SARS-CoV-2序列的回顾性分析,包括样本采集日期.
- 预测新出现的表皮性相互作用的实验验证.
主要成果:
- 该方法可靠地预测已知的表观相互作用,使用最少1万个序列.
- 在Spike蛋白 (codons 498-501) 中检测到一个关键的表皮性相互作用,具有高灵敏度.
- 该方法展示了接近实时预测和优先考虑新出现的相互作用的潜力.
结论:
- 开发的方法为检测SARS-CoV-2中已知的表皮性相互作用提供了高灵敏度.
- 新出现的表观性相互作用可以快速识别和优先进行实验验证.
- 这种方法可以整合到现有的基因组测序工作中,以加强流行病监测.
更多相关视频
11:35Screening for Functional Non-coding Genetic Variants Using Electrophoretic Mobility Shift Assay EMSA and DNA-affinity Precipitation Assay DAPA
Published on: August 21, 2016
08:49Cell Surface Receptor Identification Using Genome-Scale CRISPR/Cas9 Genetic Screens
Published on: June 6, 2020
相关概念视频
Evolutionary Relationships through Genome Comparisons
Genetic Screens
Forward genetic screens
Forward or “classical” genetic screens involve creating random mutations in an organism’s DNA using radiation, mutagens, or insertion of additional bases, which...
Single Nucleotide Polymorphisms-SNPs
Epistasis Analysis
Genome-wide Association Studies-GWAS
GWAS does not require the identification of the target gene involved in...
