使用液体染色学,被困离子移动性光谱学和并列质谱学进行底部向上基斯顿后翻译修饰分析

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 生物化学 生物化学
• 分析化学 分析化学

背景情况:

• 基因组上的翻译后修改 (PTM) 对"基因组代码"至关重要,可以作为诊断生物标志物.
• 了解PTM需要先进的分析技术来准确识别和量化.

研究的目的:

• 评估被困离子移动性光谱法 (TIMS) 与并行积累-序列碎片化 (PASEF) 和双重质谱法 (MS/MS) 的分析优势,用于自下而上的蛋白质组学.
• 为了比较不同的液态染色学 (LC) 配置 (nLC-TIMS-PASEF-ToF MS/MS,LC-TIMS-PASEF-ToF MS/MS,以及nLC-MS/MS) 用于组织蛋白PTM分析.

主要方法:

• 使用被困离子移动性光谱 (TIMS) 和并行积累-串行碎片化 (PASEF) 的自下而上的蛋白质组学,加上并行质谱 (MS/MS).
• 纳米液体染色学 (nLC) 和传统LC设置与TIMS-PASEF-ToF MS/MS和nLC-MS/MS的比较.

主要成果:

• 添加TIMS和PASEF-MS/MS通过提供额外的分离维度,显著增加了检测到的的数量.
• 所有评估的方法都表现出高可重现性,质量误差低 (<5 ppm),保留时间和移动性相对标准偏差小 (RSD) (<0.6%).
• 精确的移动性测量有助于分配,移动性分离解决了凝结异构体,由于减少化学噪声,比nLC-MS/MS提供了优势.

结论:

• 与PASEF-MS/MS相结合的TIMS为自下而上的蛋白质组学提供了增强的鉴定能力,特别是用于分析基质子PTM.
• 精确的离子移动性测量提高了分配的可靠性,并促进了复杂的生物样本的分析.
• 这种方法对生物标志物发现和对癌症研究中的"质子代码"的更深入理解充满希望.