基于下一代测序的植入监测和微化学反应检测的性能特征在异构血细胞移植中:临床试验验证的实用方法
Amanda G Blouin1, Wyatt Nelson2, Daniel Geraghty3
1Department of Pathology and Laboratory Medicine, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, New York.
The Journal of molecular diagnostics : JMD
|August 24, 2024
概括
下一代测序 (NGS) 嵌合式分析为移植后的植入监测提供了高灵敏度. 这种经过验证的NGS试验能够准确检测微化学反应,超过早期复发检测的传统方法.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 移植科学 移植科学
背景情况:
- 在全源造血细胞移植后对植入物进行监测至关重要.
- 下一代测序 (NGS) 是一种新兴的,高灵敏度的模拟分析方法.
- 检测微化学性 (<1%) 在复发检测和全移植监测方面具有潜在的临床实用性.
研究的目的:
- 为了评估基于NGS的特定奇米论试验的性能.
- 评估NGS试验的准确性,线性,灵敏性和可重复性.
- 建立用于临床实验室验证NGS奇美主义试验的质量指标.
主要方法:
- 用单核酸多态 (SNPs) 和插入/删除 (indels) 作为遗传标记的NGS试验的评估.
- 对分析灵敏度,准确性,线性和可重现性的评估.
- 与既有方法进行比较:短串重复 (STR) PCR和实时定量PCR.
主要成果:
- 分析灵敏度达到0.2%的捐赠者为单个捐赠者和0.5%的双重捐赠者.
- 通过NGS测试,在所有嵌合体水平上都显示出高可重现性.
- 尽管在40%-60%的范围内相关性较低,NGS始终检测出低于5%的嵌合体,超过STR-PCR,并且与实时qPCR显示出高一致性.
结论:
- 评估的基于NGS的模拟性测试显示了对植入监测的高灵敏度和准确性.
- 与STR-PCR相比,NGS提供了优越的微化学反应检测,具有广泛的临床应用.
- 确立的性能标准和临床验证的考虑因素对于在实验室采用NGS仿真分析至关重要.
