在皮肤和软组织感染中通过元基因组下一代测序检测致病原体
Ting-Kuang Yeh1,2, Yao-Ting Huang3, Po-Yu Liu1,2,4,5,6
1Division of Infectious Diseases, Department of Internal Medicine, Taichung Veterans General Hospital, Taichung, Taiwan, R.O.C.
In vivo (Athens, Greece)
|August 26, 2024
概括
甲基因组下一代测序 (mNGS) 在皮肤和软组织感染 (SSTI) 中检测到比传统培养更多的病原体. 这种先进的方法还可以识别抗菌素耐药性基因,帮助治疗决策.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 传染性疾病 传染性疾病
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 皮肤和软组织感染 (SSTI) 对健康构成重大风险.
- 对于SSTI的常规细菌培养具有敏感性和速度的限制.
- 下一代元基因组测序 (mNGS) 在病原体检测方面提供了潜在的进步.
研究的目的:
- 为了比较mNGS与常规细菌培养在SSTI中检测病原体的疗效.
- 评估mNGS在SSTI中识别多样化和罕见病原体方面的实用性.
- 评估在SSTI样本中使用mNGS检测抗菌素耐药性基因的检测.
主要方法:
- 预期在2020年1月至2021年10月期间从16名患者收集19个SSTI样本.
- 同时分析使用mNGS和常规细菌培养的临床样本.
- 微生物学发现的比较和临床特征的分析.
主要成果:
- 与传统培养相比,mNGS发现了多种病原体的比例更高.
- 通常检测到的格拉姆阴性细菌包括Pseudomonas spp.
- 罕见的病原体,如Granulicatella adiacens,Bacillus thuringiensis和Bacteroides fragilis被mNGS识别出来. 通过mNGS可以识别出一些罕见的病原体.
- 在52.6%的样本中检测到抗微生物耐药性基因,包括ESBL,CMY和carbapenemases的样本.
结论:
- mNGS是SSTI中病原体检测的宝贵工具,提供比传统方法更广泛的识别.
- 通过mNGS检测额外的微生物和抗菌素耐药性基因,可以为临床治疗决策提供信息.
- 需要进一步的研究,以充分阐明mNGS在SSTI管理中的比较优势.
