基因组访问是转录因子特定的,并由核细胞组位置定义

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 遗传学 遗传学 是一个
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.

背景情况:

• 哺乳动物的基因表达受转录因子 (TFs) 约束特定的DNA序列的调节.
• 核细胞,染色质的基本单位,可以限制TF进入DNA,但它们对个体TF的确切影响尚未完全理解.
• 了解TF-核酶体相互作用对于解读紧缩基因组的背景下基因调节至关重要.

研究的目的:

• 系统地测量染色体基因组内超过一百个转录因子基因的DNA结合能力.
• 研究核细胞的定位如何影响各种转录因子的结合亲和力和可访问性.
• 根据它们在核细胞内或周围参与DNA动机的独特策略来分类转录因子.

主要方法:

• 在小鼠胚胎干细胞中利用定义的染色体位点来测试超过一百种转录因子模式的招募.
• 量化了TF结合效率,用于位于无核细胞体,入出口和内部核细胞体位点的基因.
• 采用核细胞分相技术,精确地定位核细胞相对于TF结合基因.

主要成果:

• 确定了一组能够在染色体内结合DNA基因的转录因子的核心组,表现出不同的组织特异性,功能和DNA结合域.
• 证明多能性因子OCT4-SOX2优先结合于非核体和核体进出点,避免核体内部区域.
• 揭示了包括BANP,REST和CTCF在内的其他因素可以与核细胞内部部位结合,经常导致核细胞位移.

结论:

• 转录因子对核体的敏感性有很大差异,影响它们访问DNA动机的能力.
• 核细胞位是转录因子结合和基因组可访问性的关键决定因素.
• 克服或利用核酶体障碍物的特异性TF机制有助于精确调节细胞中的基因表达.