猪肠病毒组的大规模扩张基于全球超基因组采矿
Jiandui Mi1, Xiaoping Jing2, Chouxian Ma3
1State Key Laboratory for Animal Disease Control and Prevention, College of Veterinary Medicine, Lanzhou University, Lanzhou, China. mijiandui@163.com.
NPJ biofilms and microbiomes
|August 29, 2024
概括
研究人员创建了猪病毒基因数据库 (PVD) 来绘制猪肠病毒的地图. 这一新资源揭示了广泛的病毒多样性,并为未来的猪肠微生物组研究提供了关键的参考.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 病毒学 病毒学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 猪肠病毒组是肠道微生物生态系统的组成部分.
- 目前缺乏对猪肠病毒组多样性的全面了解和参考数据库.
研究的目的:
- 建立一个全面的猪病毒基因数据库 (PVD).
- 描述猪肠病毒组的多样性和功能潜力.
主要方法:
- 一个名为"metav"的管道被用来处理4650个公共肠道转基因样本.
- 病毒结合序列被聚集在一起以确定病毒操作分类单位 (vOTU).
- 分析了序列数据,以确定vOTUs中的蛋白质编码基因.
主要成果:
- 建立了猪病毒基因数据库 (PVD),其中包含5,566,804个病毒结合序列.
- 确定了48,299个中等质量的vOTU基因组,其中92.83%是新的.
- 考多维菌群构成了大多数 (72.21%) 的确定的VOTUs.
- 总共有2,362,631个蛋白质编码基因在PVD中被目录.
结论:
- 猪肠是广泛且基本上没有特征的病毒多样性的避难所.
- 猪肠病毒提供了研究猪肠病毒组的基础参考数据集.
- 这一资源将促进未来研究病毒在猪肠健康和疾病中的功能作用.
