通过便的直接全基因组测序捕获临床相关的Campylobacter属性

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 传染性疾病 传染性疾病

背景情况:

• 坎比洛巴克是导致细菌性感染性肠病的主要原因.
• 坎皮洛巴克特的传统培养方法由于其苛刻的性质而具有挑战性.
• 基于PCR的诊断已经改善了检测,但在基因型理解方面造成了知识差距.

研究的目的:

• 评估使用直接基因组测序来取代Campylobacter的传统基因组测序的可行性.
• 使用元基因组测序输出来表征Campylobacter基因型.
• 评估来自元基因组的坎皮洛巴克特基因组的临床和流行病学相关性.

主要方法:

• 37个腹性便样本的直接基因组测序为坎皮洛巴克特阳性,5个未知结果.
• 处理样品有或没有过.
• DNA提取和短读测序.
• 使用基于培养的方法验证元基因组衍生基因组 (MDG) 结果.
• 对基因组质量,准确性和序列类型 (ST) 和抗菌素耐药性 (AMR) 基因的鉴定进行评估.

主要成果:

• 基因组测序可靠地将坎皮洛巴克特菌识别到属和物种水平,这取决于读数,覆盖范围和基因组完整性.
• 65%的样本通过MDG被确定为属级,而73%通过培养和97%通过qPCR.
• 坎比洛巴克特基因组的完整性超过60%,在物种层面上100%准确地确定,其中72%被确定为ST,95%准确地确定了AMR决定因素.
• 过增强了MDG恢复和基因组质量,改善了ST和AMR配置识别.
• 遗传学分析证实了元基因组衍生基因组的可靠性,显示了与培养基因组的聚类.

结论:

• 直接的基因组测序为坎皮洛巴克特提供了临床相关和流行病学重要基因组信息,而不依赖于培养分离物.
• 超基因组方法,特别是过方法,可以提高从便样本中恢复和表征Campylobacter基因组.
• 这种方法为了解Campylobacter基因型,ST和AMR概况提供了可靠的替代方案,弥合了PCR诊断所造成的知识差距.