人类和小鼠瘤组织样本的解离用于单细胞RNA测序
Jacy Fang1, Isabella Salinas1, Sarah San Vicente1
1Krantz Family Center for Cancer Research, Department of Medicine, Massachusetts General Hospital; Broad Institute of MIT and Harvard.
Journal of visualized experiments : JoVE
|September 2, 2024
概括
一个新的快速解离协议增强了人类瘤的单细胞RNA测序 (scRNAseq). 这种方法保持了细胞活力和质量,对于准确的免疫谱和转录异质性分析至关重要.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 单细胞RNA测序 (scRNAseq) 揭示了瘤微环境和免疫细胞异质性.
- 有效的组织解离对于scRNAseq数据的质量和解释至关重要.
- 现有的协议可能会损害细胞活力,并引入偏差.
研究的目的:
- 开发和验证一个快速,普遍的协议,用于解离人类瘤样本的scRNAseq.
- 为了确保下游单细胞分析的高细胞活力和样品质量.
- 克服当前分离方法的局限性,特别是对于低输入样本.
主要方法:
- 瘤组织的机械和酶分离.
- 过,红细胞溶解和活细胞/死细胞丰富.
- 在多种人类和小鼠瘤类型中进行验证,包括针芯活检.
主要成果:
- 该协议产生了一个干净,可行的单细胞悬浮液.
- 它适用于像针芯活检这样的低输入样本.
- 它最大限度地减少了细胞损失和压力诱导的基因表达变化.
结论:
- 这种快速解离协议对于强大的scRNAseq瘤分析至关重要.
- 它提高了单细胞数据的质量,能够准确识别细胞状态和免疫反应.
- 该协议支持先进的单细胞技术,如CITEseq.
