肠道:人类肠道微生物群的代谢途径数据库
Hirotsugu Shiroma1, Youssef Darzi1,2, Etsuko Terajima1
1School of Life Science and Technology, Tokyo Institute of Technology, 2-12-1 M6-3 Ookayama, Meguro-ku, Tokyo 152-8550, Japan.
Briefings in bioinformatics
|September 2, 2024
概括
肠道途径 (Enteropathway) 是一个新的数据库,详细介绍了人类肠道微生物代谢途径. 它为研究肠道微生物群和宿主新陈代谢的研究人员提供了全面的资源.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 人的肠道微生物群产生许多代谢物,影响宿主生理.
- 现有的代谢途径数据库对于肠道微生物代谢产物缺乏全面性.
研究的目的:
- 介绍Enteropathway,一个新的,全面的新陈代谢通路数据库,用于人类肠道微生物群.
- 提供可视化和分析微生物代谢途径及其宿主相互作用的工具.
主要方法:
- 综合了3269个化合物,3677个反应和876个模块,来自1012个精选的科学文献.
- 开发了一个用于图形可视化,定制和丰富分析的Web应用程序.
- 保证新性,698个在其他数据库中没有发现的新模块.
主要成果:
- 肠道通路数据库建立了关于肠道微生物代谢的广泛数据.
- 网络应用程序提供交互式可视化和统计分析工具.
- 确定了698个新的代谢模块.
结论:
- 进入路径作为一个有价值的,全面的参考补充现有数据库.
- 该工具有助于更深入地了解肠道微生物群与宿主代谢相互作用.
- 使研究人员能够发现对微生物代谢物功能的新见解.


