蛋白酶K处理对GeoMx数字空间分析数据质量的影响,这些数据来自固定在甲中,嵌入在甲中的组织
Kyle M Hatton-Jones1, Nicholas P West2, Jean Barcelon1
1Menzies Health Institute Queensland, Griffith University, Southport, Qld, Australia.
Pathology
|September 3, 2024
概括
蛋白酶K (ProtK) 治疗可以增加空间转录学中的读数,但可能会降低数据质量. 优化ProtK度对于存档组织的可靠结果至关重要.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 病理学 病理学 病理学
背景情况:
- 空间分析技术可以对档案样本中的组织病理进行详细的分子分析.
- 组织固定和存储方法可能会损害基因组数据的质量.
- 优化样本处理是最大限度地提高空间转录学数据质量的关键.
研究的目的:
- 调查蛋白酶K (ProtK) 处理对空间转录基因数据质量指标的影响.
- 评估ProtK对目标转录暴露和下游测序数据的影响,使用固定在甲中的,嵌入在中的样本.
主要方法:
- 空间转录基因数据是使用纳米链GeoMx DSP和Illumina NextSeq 2000平台生成的.
- 固定在甲胺,嵌入胺的组织 (鼻腔粘膜,桃体,胰腺) 用不同的ProtK度 (0.11μg/mL) 进行治疗.
- 分析了数据质量指标,包括总读数,负探头计数,信号噪声比和检测到的基因.
主要成果:
- 较高的ProtK度通常会增加总读数 (24倍).
- 增加的ProtK度也提高了负探头数量 (212倍),降低了信号噪声比 (1070%低).
- 在背景以上检测到的基因数量显著下降 (5080%低) 与较高的ProtK度,在组织类型之间具有可变的影响.
结论:
- ProtK治疗可以增强转录检测,但可能通过降低信号对噪声比和检测到的基因数量来对空间转录组数据质量产生负面影响.
- ProtK的作用依赖于组织,因此需要仔细优化样品处理工作流程.
- 除了ProtK之外,考虑各种样本处理因素对于从档案标本中生成高质量的空间转录组数据至关重要.
