揭示了在Mycobacterium结核病中Rifampicin药物敏感性测试的复杂性:与下一代测序进行比较分析
Mehmood Qadir1,2, Muhammad Tahir Khan3,4,5, Sajjad Ahmed Khan1
1National TB Control Program, National TB Reference Laboratory, Islamabad 44000, Pakistan.
Journal of medical microbiology
|September 4, 2024
概括
在 Mycobacterium 结核病中进行不一致的 rifampicin 药物敏感性测试 (DST) 突出了挑战. 全基因组测序 (WGS) 可以澄清抵抗机制,特别是在治疗失败时,指导准确的诊断和治疗.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 在Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) 中,Rifampicin (RIF) 的表型和分子药物敏感性测试 (DST) 显示出不一致,导致潜在的错误诊断和治疗问题.
- 了解RIF耐药性的遗传基础对于有效的结核病 (TB) 管理至关重要.
研究的目的:
- 使用表型 (Lowenstein-Jensen,Mycobacterium Growth Indicator Tube) 和分子 (GeneXpert RIF Assay,全基因组测序) 方法进行RIF DST比较.
- 为了研究抗RIF的M.结核病分离物中ponA1和ponA2基因的潜在补偿突变.
主要方法:
- 评估了两个表型DST方法 (LJ,MGIT) 和两个分子方法 (GeneXpert,WGS).
- 选ponA1和ponA2基因,以检测RIF耐药分离物中的突变,包括那些具有不一致的DST结果的分离物.
- 全基因组测序 (WGS) 在25个抗RIF分离物上进行.
主要成果:
- 现型DST显示11个孤立 (44%) 对LJ/MGIT敏感,但对GeneXpert耐药,具有多个rpoB突变.
- 四个对LJ耐药但对GeneXpert/MGIT敏感的分离物是rpoB的野生类型,但在PonA1和PonA2中有新的突变.
- 与WGS比较时,MGIT与LJ和GeneXpert相比,不一致率更高,特别是在治疗失败/复发的情况下.
结论:
- 全基因组测序 (WGS) 对于解决不一致的RIF DST结果非常有价值,特别是在治疗失败或复发的具有挑战性的情况下.
- 识别PonA1和PonA2中的新突变可能会提供对替代RIF耐药机制的见解.
- 尽管成本高昂,但WGS建议用于具有冲突的DST结果的隔离物,以确保准确的诊断并指导结核病的适当治疗策略.
