Illumina MiSeq 16S rRNA 基因库 准备用于家禽加工 微生物组分析
Jessica A Brown1, Kristina M Feye2, Steven C Ricke3
1Meat Science and Animal Biologics Discovery, Department of Animal & Dairy Sciences, University of Wisconsin-Madison, Madison, WI, USA.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|September 5, 2024
概括
标准化用于家禽加工的微生物组测序,确保可靠的食品安全数据. 统一的管道有助于监管机构和行业识别使用16S rDNA测序的食品安全弱点.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 食品科学 食品科学 食品科学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 禽业需要可靠的方法来监测加工环境中的微生物种群.
- 微生物组测序为了解微生物动态提供了强大的工具,但缺乏标准化.
- 由于缺乏可比数据,行业采用测序技术受到阻碍.
研究的目的:
- 提出一种标准化的16S rDNA测序管道,用于监测家禽加工微生物群.
- 突出从采样到数据分析的关键步骤,以获得可重复的结果.
- 强调标准化对于整个行业的采用和风险评估的重要性.
主要方法:
- 从家禽冲洗液中采样和提取DNA.
- 对于16S rDNA测序的图书馆建设和质量控制.
- 对微生物组成测序数据的生物信息分析.
主要成果:
- 概述了在家禽加工中微生物组测序的详细工作流程.
- 确定质量控制检查点以确保数据完整性.
- 拟议的管道有助于生成可比的微生物数据.
结论:
- 统一的测序管道对于在家禽行业采用微生物组分析至关重要.
- 标准化使政府机构和行业能够有效评估和改善食品安全.
- 这种方法支持通过可靠的微生物群体动态数据进行先进的风险评估.
