用DiMeLo-seqq绘制蛋白质-DNA相互作用的地图
Annie Maslan1,2,3, Nicolas Altemose4,5, Jeremy Marcus3
1Department of Bioengineering, University of California, Berkeley, Berkeley, CA, USA.
Nature protocols
|September 5, 2024
概括
使用长读序列 (DiMeLo-seq) 的定向甲基化提供了一种全基因组蛋白质-DNA相互作用映射的新方法. 这种技术准确地描述了相互作用,即使是在具有挑战性的基因组区域.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 绘制蛋白质-DNA相互作用的地图对于理解基因组调节至关重要.
- 现有的短读方法在重复区域和单元型分辨率方面存在局限性.
- 在内源性DNA甲基化背景下,需要一种方法来描述蛋白质结合.
研究的目的:
- 介绍指导甲基化与长读序列 (DiMeLo-seq) 的详细方案.
- 为在各种细胞制剂上执行DiMeLo-seq提供实用指导.
- 以增强的分辨率实现蛋白质-DNA相互作用的全基因组映射.
主要方法:
- 在目标蛋白附近的腺基的in situ甲基化,使用绑定的Hia5甲基转移酶.
- 通过长时间读取的单分子测序 (例如,纳米孔) 检测甲基化氨酸.
- 使用A蛋白将抗体与Hia5甲基转移酶结合起来.
主要成果:
- DiMeLo-seq使单个DNA分子上多个相互作用点的映射成为可能.
- 在内源性DNA甲基化背景下描述蛋白质结合.
- 识别单元型特定的蛋白质-DNA相互作用,并在重复的基因组区域映射相互作用.
结论:
- DiMeLo-seq是一种用于全面绘制蛋白质-DNA相互作用的多功能方法.
- 该协议可以适应新鲜,轻度固定或冷的细胞.
- 有一个Python包 (dimelo) 可用于数据分析.
