从胚胎的眼组织中隔离细胞核,用于单核分析

科学领域:

• 发展生物学 发展生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 高质量的单核数据需要从组织中温和高效地隔离核.
• 优化在各类组织中至关重要,以保持核架构和核酸完整性.
• 现有的协议可能不适合特定组织,如胚胎眼.

研究的目的:

• 为从胚胎眼组织中获得单核悬浮液提供一个优化的工作流程.
• 为了确保与下游单核RNA和ATAC测序的兼容性.
• 为研究人员提供一个具有成本效益和适应性的协议.

主要方法:

• 开发了一种快速的协议,用于从胚胎眼中分离无聚合物核.
• 集成的冷保存和固定停止点,以实现工作流的灵活性.
• 包括质量控制 (QC) 检查站,并使用商业套件进行演示.
• 验证了使用in silico基因造型来获得生物复制品的使用.

主要成果:

• 实现了高产量,无聚合物核的快速隔离,并保持了核酸完整性.
• 核悬浮体与单核RNA测序 (snRNA-seq) 和单核ATAC测序 (snATAC-seq) 的证明兼容性.
• 展示了通过计算推导生物复制物的能力,降低了成本,并使性别成为一个变量.
• 成功地适应了现有的 in silico 基因定型方法,用于此应用.

结论:

• 优化的协议提供了一种经济有效,简单和有效的方法,用于胚胎眼组织的单核分析.
• 工作流是可适应的,并且可能会被修改为类似的组织类型.
• 这种方法显著降低了基因组研究中的生物复制成本.