优化鼻腔粘膜样本处理的协议,以获得高质量的scRNA-seq和scATAC-seq数据
Yaling Huang1, Yisha Wu2, Shikai Han2
1BGI Research, Shenzhen 518083, China.
STAR protocols
|September 8, 2024
概括
这项研究提出了分析人类鼻腔粘膜的新方案. 它可以从同一组织样本进行高质量的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序,用于疾病研究.
科学领域:
- 生物医学研究生物医学研究
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 鼻腔粘膜检查对于诊断鼻腔疾病至关重要.
- 同时从鼻腔粘膜进行高质量的单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单细胞ATAC测序 (scATAC-seq) 是技术上具有挑战性的.
- 现有的方法可能无法有效地从这些敏感组织中捕获转录组和表观组数据.
研究的目的:
- 开发和介绍一个强大的处理人类鼻腔粘膜的协议.
- 从同一样本同时生成高质量的scRNA-seq和scATAC-seq数据.
- 促进在单细胞水平上对鼻腔疾病的综合研究.
主要方法:
- 该协议涉及精细的步骤,用于提取人类鼻腔粘膜组织.
- 它包括优化的机械和酶分离技术.
- 程序包括红细胞溶解,可行性评估和用于scRNA-seq和scATAC-seq的库准备,然后进行质量控制.
主要成果:
- 提出的协议成功地产生了来自人类鼻腔粘膜的scRNA-seq和scATAC-seq的高质量数据.
- 该方法确保了转录基因和表观基因信息的完整性.
- 质量控制指标证实了准备好的库适合下游分析.
结论:
- 本协议提供了一种标准化和有效的方法,用于分析鼻膜的多原子单细胞分析.
- 它克服了以前在同时获取转录组和表观组数据方面的局限性.
- 这一进步将极大地有助于详细调查和诊断鼻腔疾病.


