gwid:一种R包和Shiny应用程序,用于IBD数据的全基因组分析
Soroush Mahmoudiandehkordi1,2, Mehdi Maadooliat1,2, Steven J Schrodi2,3
1Department of Mathematical and Statistical Sciences, Marquette University, Milwaukee, WI 53233, United States.
全基因组基因统一 (gwid) R包分析二进制特征的基因统一数据,识别与类风湿性关节炎等疾病的遗传关联. 它提供差异分析和可视化工具,改善遗传研究的可访问性.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 统计遗传学 统计遗传学
背景情况:
- 鉴定出血统 (IBD) 分析对于理解疾病的遗传贡献至关重要.
- 现有的工具可能缺乏全面的功能来分析IBD与二分化的特征相关.
- 需要高效且易于使用的软件来分析全基因组IBD数据.
研究的目的:
- 为了引入基因组全方位的身份由后裔 (gwid) R包.
- 为评估二进制特征状态之间的IBD差异水平提供工具.
- 为了促进IBD分析结果的可视化和解释.
主要方法:
- 一个名为gwid.的R包的开发.
- 实现差异IBD分析的功能.
- 使用真实基因型数据 (SNP) 进行包装评估.
- 申请调查类风湿性关节炎的易感性.
主要成果:
- gwid包提供了有效的工具来分析IBD数据的二分法特征.
- 在特征状态之间的IBD差异分析产生了信息性的结果.
- 可视化功能提高IBD分析结果的解释性.
- 包装性能通过使用类风湿性关节炎的真实基因型数据来验证.
结论:
- gwid R包为涉及IBD和二进制特征的遗传关联研究提供了宝贵的资源.
- 它提高了复杂遗传数据分析的可访问性和可解释性.
- 该套餐支持对疾病易感性的研究,例如类风湿性关节炎.
更多相关视频
08:03Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations
Published on: December 7, 2021
10:44Inherent Dynamics Visualizer, an Interactive Application for Evaluating and Visualizing Outputs from a Gene Regulatory Network Inference Pipeline
Published on: December 7, 2021
相关概念视频
Genome-wide Association Studies-GWAS
GWAS does not require the identification of the target gene involved in...
Genomics
Biostatistics: Overview
Discrete variables are...
Statistical Software for Data Analysis and Clinical Trials
Statistical Methods for Analyzing Epidemiological Data
Introduction to R
