交叉比较替代诊断方案,包括替代临床样本,RNA提取方法和核酸放大技术用于COVID-19诊断

科学领域:

• 分子诊断学 分子诊断学
• 病毒学 病毒学
• 生物技术是生物技术.

背景情况:

• 针对COVID-19的黄金标准诊断协议 (GSDP) 依赖于鼻口腔抽样 (NPS) 和RT-qPCR,这可能是耗时且昂贵的.
• 使用不同样本类型,RNA提取技术和放大方法的替代方法已被探索,以提高效率.
• 对这些替代方案与GSDP进行全面比较对于临床实施至关重要.

研究的目的:

• 与黄金标准诊断协议 (GSDP) 对抗COVID-19的各种替代诊断方法进行交叉比较.
• 为了评估唾液和热诱导RNA释放 (HIRR) 结合RT-LAMP的诊断性能.
• 评估这些方法的可行性,以减少COVID-19诊断的时间和成本.

主要方法:

• 测试替代方法,包括唾液样本,热诱导RNA释放 (HIRR) 和色度逆转录循环介导的同热放大 (RT-LAMP).
• 将RT-LAMP与传统的RNA提取 (TRE) 和使用NPS和唾液的RT-qPCR进行比较.
• 用HIRR处理的唾液的评估,并通过RT-LAMP检测与GSDP相比.

主要成果:

• 与NPS和TRE配合的RT-LAMP显示出高灵敏度 (96%) 和特异性 (97%),类似于GSDP.
• 与RT-qPCR相比,用TRE处理并用RT-LAMP放大的唾液显示出良好的诊断参数 (88%-96%的灵敏度,95%-100%的特异性).
• 用TRE处理并通过RT-LAMP检测的唾液的灵敏度 (78%) 和特异性 (87%) 比GSDP低.
• 用HIRR和RT-LAMP处理的唾液表现出低灵敏度 (56%),并受到样品酸度 (9% - 22%) 的影响.

结论:

• RT-LAMP技术提供了与RT-qPCR可比的诊断性能.
• 唾液,当通过传统的RNA提取 (TRE) 处理时,其功能类似于用于诊断目的的鼻口腔拭子 (NPS).
• 使用热诱导RNA释放 (HIRR) 随后进行RT-LAMP的直接唾液测试缺乏足够的诊断性能,无法用于临床应用.