定量蛋白质组学质量控制的框架

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 分析化学 分析化学
• 生物技术是生物技术.

背景情况:

• 自下而上的蛋白质组学工作流需要严格的质量评估.
• 在蛋白质组学数据分析中,可复制性和可变性是关键问题.

研究的目的:

• 提出可适应的质量控制 (QC) 措施,用于自下而上的蛋白质组学.
• 确保蛋白质组学数据的质量,可复制性和可变性,从规划到分析.

主要方法:

• 使用的系统适用性样本用于跨平台的仪表性能纵向监测.
• 在蛋白质和水平上进行了内置的内部质量控制 (QC),以评估样品的准备和区分系统与样品问题.
• 在批量校正和规范化过程中使用外部QC样本进行一致性验证.

主要成果:

• 证明了使用系统适用性样本来识别严重的系统故障,并在长时间内跟踪仪器功能.
• 展示了内部质量检查如何帮助区分样品准备问题与仪器故障.
• 在表型评估之前验证了外部QC在确保定量潜力的实用性.

结论:

• 建议采用一个综合的质量控制方法,将目标方法,纵向指标和数据存储平台 (Skyline,AutoQC,PanoramaWeb) 结合起来.
• 这一策略促进了快速的质量评估,优化了仪表时间的使用,以获得高质量的数据收集.
• 拟议的QC框架为旨在提高蛋白质组学数据完整性的研究小组提供了有价值的起点.