AMAR-seq:通过单细胞分辨率对DNA甲基化,染色质可访问性和RNA表达的自动化多模式测序
Xi Zeng1, Xiaoping Yang1, Zhixing Zhong1
1The MOE Key Laboratory of Spectrochemical Analysis and Instrumentation, the Key Laboratory of Chemical Biology of Fujian Province, State Key Laboratory of Physical of Chemistry of Solid Surfaces, Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials, Department of Chemical Biology, Department of Chemical Engineering, College of Chemistry and Chemical Engineering and Institute of Artificial Intelligence, Xiamen University, Xiamen 361005, China.
Analytical chemistry
|September 9, 2024
概括
我们开发了AMAR-seq,这是一种用于单细胞多组学分析的自动化方法,集成甲基化,染色质可访问性和RNA表达. 这种强大的工具揭示了细胞分化过程中的动态表观遗传和转录组合.
科学领域:
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 基因组学就是基因组学.
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- 单细胞多模式测序提供精确的细胞状态见解.
- 当前的方法往往缺乏在单细胞分辨率下全面整合多个omics数据类型.
研究的目的:
- 引入AMAR-seq,一个自动化平台,以单细胞分辨率同时分析DNA甲基化,染色质可访问性和RNA表达.
- 为了验证AMAR-seq的准确性和稳定性与已建立的单一omics技术相比.
主要方法:
- AMAR-seq将甲基化,染色质可访问性和RNA表达概况集成到一个工作流中.
- 方法验证涉及与标准单一omics方法进行比较.
- 适用于小鼠胚胎干细胞分化.
主要成果:
- AMAR-seq显示了高基因检测率和基因组覆盖率.
- 建立了一个全基因组的基因表达调节图谱和三重omics景观与单基分辨率.
- 启用单细胞拷贝数变异分析.
- 在小鼠胚胎干细胞分化过程中揭示了动态表观基因组-转录基因组合.
结论:
- AMAR-seq为单细胞多组学分析提供了具有成本效益,高效和自动化的解决方案.
- 促进了监管模式的深入建立和复杂的生物过程的剖析,如早期胚胎发育.


