快速实时定量色度测量LAMP方法在原始橄树样本中实地检测Verticillium dahliae
Maria Megariti1, Alexandra Panagou2, Georgios Patsis2
1Institute of Molecular Biology and Biotechnology, Foundation for Research and Technology-Hellas, 100 N. Plastira Str., 70013, Heraklion, Greece.
Plant methods
|September 9, 2024
概括
一个新的便携式设备可以快速地在现场检测Verticillium dahliae,这是一个毁灭性的橄树病原体. 这种同热LAMP测定在35分钟内准确地识别了原始样本中的真菌,为疾病管理提供了至关重要的工具.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 分子诊断学 分子诊断
- 农业技术 农业技术
背景情况:
- Verticillium dahliae是一种主要的橄树病原体,导致大量的作物损失.
- 目前的检测方法耗时,需要实验室设置.
- 对于V. dahliae,迫切需要快速,可在现场部署的诊断工具.
研究的目的:
- 开发一种新的,快速的,现场检测方法来检测橄树上的V. dahliae.
- 创建一个便携式设备,用于实时对病原体进行色度检测.
- 用原始植物样本验证试验的灵敏度,特异性和稳定性.
主要方法:
- 设计了一种异热环介导异热放大 (LAMP) 试验,针对V. dahliae. 的ITS区域.
- 开发了一种便携式3D打印设备,用于实时定量色度检测.
- 使用原始橄木提取物和纯化DNA进行了测试,并将其与嵌套PCR和SYBR qPCR进行了比较.
主要成果:
- 通过LAMP测定,在35分钟内检测到V. dahliae,检测极限为0.8 fg/μl,特异性为100%.
- 检测表明高灵敏度 (80-100%),即使是未经净化的原木提取物.
- 在从自然感染树木的原始样本中检测V. dahliae时,LAMP的性能优于嵌套PCR和SYBR的qPCR.
结论:
- 灵敏和特定的实时LAMP测定与便携式设备相结合,可以在橄树上现场检测V. dahliae.
- 该方法有效地利用原始植物样本,简化了现场诊断.
- 这种方法为开发针对V. dahliae和其他植物病原体的现场部署工具提供了基础.
