支持PTMoreR的跨物种PTM映射和哺乳动物之间的比较蛋白组学
Shisheng Wang1, Yi Di2, Yin Yang1
1Department of Pulmonary and Critical Care Medicine, Proteomics-Metabolomics Analysis Platform, and NHC Key Lab of Transplant Engineering and Immunology, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu 610041, China.
Cell reports methods
|September 10, 2024
概括
PTMoreR是一种用于翻译后修饰 (PTM) 蛋白质组学的新工具. 它可以对酸化部位和酶基质网络进行跨物种分析,改善PTM注释和功能研究.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 翻译后修饰 (PTM) 分析对于理解蛋白质功能至关重要.
- 由于数据异质性,PTM的跨物种比较具有挑战性.
- 现有的工具缺乏对非模型生物的全面支持.
研究的目的:
- 开发一个用户友好的工具,PTMoreR,用于跨物种PTM蛋白质组分析和注释.
- 为了能够对不同物种的PTM地点进行以图案为中心的分析.
- 为了促进功能丰富和酶基质网络分析.
主要方法:
- PTMoreR使用可调节序列窗口的BLAST来分析PTM站点.
- 该工具根据序列相似性对物种之间的蛋白质组结果进行映射.
- 它执行站点级的功能丰富,并产生酶基质网络.
主要成果:
- PTMoreR成功地从人类数据中推断出小鼠酸化部位.
- 该工具预测了129种哺乳动物蛋白质组的组成.
- 确定了跨物种的酸化事件和进化保守的激酶动机.
结论:
- PTMoreR增强了PTM蛋白质组,特别是在非人类物种中.
- 该工具支持定量蛋白质组分析和功能注释.
- PTMoreR为提炼酶动机提供了一个进化视角.
关键词:
CP:生物技术 生物技术CP: 系统生物学.生物信息学是一种生物信息学.跨物种映射的跨物种映射进化生物学 进化生物学激酶基质的注释基于质谱的蛋白质组学.这是一个以动机为中心的动机.素蛋白质组学 素蛋白质组学 素蛋白质组学后翻译修改后的修改具体地点的丰富分析分析.窗户的相似性 窗户的相似性更多相关视频
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