功率分析为MutaMouse肝脏和骨髓的Duplex测序研究设计提供信息
Elena Esina1, Annette E Dodge2, Andrew Williams2
1Department of Biology, University of Ottawa, Ottawa, Ontario, Canada.
Environmental and molecular mutagenesis
|September 13, 2024
概括
双重测序 (DS) 为突变致死性测试提供了更高的准确性. 每组四只动物的样本大小提供超过80%的功率来检测突变频率的两倍增加,优化研究设计.
科学领域:
- 毒理学 毒理学 毒理学
- 遗传学 遗传学 是一个
- 下一代测序的测序方法
背景情况:
- 监管性遗传毒理学测试可以识别突变性危害.
- 双重测序 (DS) 提供了比传统的致变性测试更好的准确性和更广泛的适用性.
- 功率分析对于优化DS在监管毒理学研究设计中至关重要.
研究的目的:
- 探索使用双重序列测序的化学变异性评估中获得足够功率的研究设计.
- 用DS确定监管毒理学测试的最佳样本大小和测序参数.
- 用DS提供基础数据,以建立可靠的致变性检测协议.
主要方法:
- 使用双重序列测序 (DS) 和TwinStrand的鼠标突变基因组对MutaMouse骨髓和肝脏样本的分析.
- 收集双重读取,基线突变频率和标准偏差的经验数据.
- 基于经验推导的参数进行模拟分析,以评估各种效果大小和样本大小的功率.
主要成果:
- 平均双倍读数超过了肝脏的8.4 x 10^8和骨髓的9.5 x 10^8.
- 基线突变频率始终低 (4.6 x 10^-8),动物对动物的变异性可控.
- 每组四只动物的样本大小达到80%以上的功率来检测突变频率的两倍变化.
结论:
- 每组四只动物足以进行基于DS的突变性测试,以检测生物学相关的变化.
- 经验数据和模拟分析为使用DS设计高效的监管毒理学研究提供了基础.
- DS是推进遗传毒理学评估的强大工具,提供更高的灵敏度和可靠性.
