将数据独立获取与尖端 SILAC (DIA-SiS) 结合起来,改善了蛋白质组覆盖和量化

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 分析化学 分析化学
• 生物化学 生物化学

背景情况:

• 数据独立获取 (DIA) 与蛋白质组学中的数据依赖获取 (DDA) 相比,具有优势,包括更高的吞吐量和更少的缺失值.
• 虽然DIA通常使用无标签量化,但整合稳定同位素标签可以提高准确性.
• 现有的标签方法,如化学标签或体内SILAC,在样品制备或应用方面存在局限性.

研究的目的:

• 开发和验证一种新的方法,将DIA与细胞培养中氨基酸 (DIA-SiS) 的Spike-in稳定同位素标记相结合.
• 评估DIA-SiS用于蛋白质组分析的性能,特别是在具有挑战性的样本中.
• 与现有的无标签 DIA 方法相比,提高蛋白质组覆盖率和量化准确性.

主要方法:

• 开发DIA-SiS工作流程,将DIA的收购与SILAC的战略结合起来.
• 使用混合物种基准样本进行大量和单细胞水平的性能评估.
• 应用DIA-SiS来分析低输入的甲固定嵌 (FFPE) 组织段.

主要成果:

• 与无标签的DIA相比,DIA-SiS显著提高了蛋白质组覆盖率和量化准确性.
• 该方法减少了不正确量化的蛋白质的数量.
• DIA-SiS在分析低输入FPE组织样本方面表现出有效性,展示了其广泛的适用性.

结论:

• DIA-SiS提供了一种强大而准确的方法,用于全面的蛋白质组概况.
• 这种方法结合了基于稳定同位素的量化和简化,无标签的样品制备的好处.
• DIA-SiS可在各种样本类型中进行准确和高效的蛋白质组分析,包括具有挑战性的临床标本.