集成批量和单细胞RNA-Seq数据以识别与清细胞脏细胞癌中激活的树突细胞相关的预后特征

科学领域:

• 免疫学和瘤学
• 癌症基因组学和生物信息学

背景情况:

• 树突细胞 (DCs) 是瘤免疫的关键调节者,通过细胞因子分泌和共刺激分子表达影响抗瘤反应.
• 虽然在清细胞细胞癌 (ccRCC) 中研究了DC亚组,但激活DCs在ccRCC免疫激活中的作用仍未得到充分研究.

研究的目的:

• 在ccRCC中识别已激活的DC相关基因.
• 开发和验证基于激活DC基因表达的ccRCC的预后模型.
• 探索该模型与临床因素,瘤微环境和向治疗敏感性的关联.

主要方法:

• 使用批量和单细胞RNA-seq数据识别激活的DC基因.
• 通过单变量,多变量Cox和LASSO回归构建预后模型.
• 在三个外部数据集 (GSE167573,ICGC,E-MTAB-1980) 和qRT-PCR.中进行验证.
• 关于瘤进展,突变负担,免疫透,免疫治疗结果和药物敏感性的风险评分分析 (JQ1).

主要成果:

• 一个五基因预后模型 (PLCB2,XCR1,IFNG,HLA-DQB2,SMIM24) 被开发和验证.
• 该模型准确地预测了结果,特别是在高级ccRCC中.
• 风险得分与瘤进展,TMB,免疫透和免疫治疗反应相关.
• 基因表达与对BET抑制剂JQ1的敏感性有很强的相关性,受分子对接的支持.

结论:

• 激活的DC在ccRCC免疫力中起着重要作用.
• 开发的预后模型提供了关于预测免疫反应,向治疗疗效和ccRCC患者预后的见解.
• 这些发现突出了涉及BET抑制剂的潜在治疗策略.