纳米孔深度测序作为一种工具来表征和量化由遗传视网膜损伤基因变异引起的异常拼接
Jordi Maggi1, Silke Feil1, Jiradet Gloggnitzer1
1Institute of Medical Molecular Genetics, University of Zurich, 8952 Schlieren, Switzerland.
International journal of molecular sciences
|September 14, 2024
概括
纳米孔测序有效地识别和量化遗传性疾病中的异常拼接事件,改善了超越当前限制的分子诊断. 这种先进的技术可以检测传统方法遗漏的低丰度转录.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子诊断学 分子诊断
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 拼接变体有助于遗传性疾病,但由于预测和检测挑战,它们的诊断影响被低估了.
- 目前的分子诊断方法很难识别和量化所有异常拼接事件,特别是低丰度转录.
研究的目的:
- 评估纳米孔测序,以表征和量化由候选变体引起的异常拼接事件.
- 评估纳米孔测序在诊断遗传性视网膜变的有用性.
主要方法:
- 在 silico 预测拼接变体效应.
- 使用小基因试验或全血cDNA进行功能性表征.
- 用PCR放大cDNA的纳米孔测序来识别和量化全长转录.
主要成果:
- 在19种候选变体中,有13种 (68%) 诱导异常拼接,包括密码拼接部位激活,外因子跳转和伪外因子包含.
- 纳米孔测序准确识别和量化异常转录,与in silico预测保持一致.
- 该方法成功检测出常规RT-PCR和桑格测序遗漏的低丰度转录.
结论:
- 纳米孔测序是一种强大的工具,用于对遗传性疾病中异常拼接事件的全面分析.
- 这项技术通过可靠地检测和量化拼接变体来增强分子诊断,包括以前无法检测到的变体.
