剖析基于人工智能的肺腺癌突变预测:一个全面的现实研究
Gabriel Dernbach1, Daniel Kazdal2, Lukas Ruff3
1Institute of Pathology, Charité Universitätsmedizin, Berlin, Germany; BIFOLD, Berlin, Germany; Aignostics GmbH, Berlin, Germany.
概括
深度学习模型从组织图像准确地预测肺癌突变,特别是使用更大的数据集. 这些模型可以通过识别基因型-表型关系来帮助临床试验选择.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 计算病理学计算病理学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 分子分析是针对性肺癌治疗的关键.
- 深度学习 (DL) 显示出从组织学图像中预测突变的潜力.
- 挑战包括小样本大小和现有DL研究中的有限概括性.
研究的目的:
- 评估影响DL模型准确度的因素,以预测肺腺癌中的突变.
- 使用大队伍评估DL模型的稳定性和通用性.
主要方法:
- 用2356个FPE样本对海德堡肺腺癌队列 (HLCC) 的回顾性分析.
- 使用TCGA-LUAD数据集进行验证.
- 研究了预处理和建模选择对预测准确性的影响.
主要成果:
- 在较大的HLCC队列上训练的模型对EGFR,STK11和TP53突变的TCGA进行了很好的概括.
- 较大的队列大小提高了模型的稳定性和通用性.
- 预处理选择影响了EGFR预测准确度高达7%.
结论:
- 特定的形态特征 (例如生长模式) 与突变有关.
- DL模型可以提高突变预测的准确性,并支持为试验预选患者.
- DL模型补充,但不能取代,全面的分子分析.
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