处理和可视化Protec-Seq数据用于生成校准的全基因组双双链断裂 (dDSB) 地图
Doris Chen1,2, Martin Xaver3,4, Franz Klein3,4
1University of Vienna, Max Perutz Labs, Department of Chromosome Biology, Vienna, Austria. doris.chen@univie.ac.at.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|September 16, 2024
概括
这项研究提出了一个分析Protec-Seq数据的计算管道,绘制由Spo11.11等蛋白质保护的DNA片段. 该方法可以在实验中对双链断裂热点进行定量比较.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- Protec-Seq能够对蛋白质保护的DNA进行全基因组的映射.
- 麦芽SaccharomycesCerevisiae Spo11酶产生介质双链断裂 (DSB),这对于同源重组和生育至关重要.
- 在被称为热点的拓应力位点上,DSBs被丰富.
研究的目的:
- 描述一个用于处理和可视化Protec-Seq数据的计算管道.
- 为了在实验中进行双链断裂 (dDSB) 配置的定量比较.
- 详细说明分析Spo11生成的dDSB碎片的方法.
主要方法:
- 在Protec-Seq数据处理和可视化管道中.
- 使用Saccharomyces kudriavzevii作为校准菌株进行校准的染色质免疫沉测序 (ChIP-Seq).
- 用于数据分析的Linux shell脚本和R脚本,包括全基因组对齐和可视化 (弧线图,Hi-C风格的热图).
主要成果:
- 该管道处理Protec-Seq原始数据以生成校准的全基因组对齐.
- 已识别的双DSB (dDSB) 片段范围从34个到数百个基对.
- dDSB碎片在中性DSB热点上得到丰富.
结论:
- 描述的计算工作流程有助于分析和可视化Protec-Seq数据.
- 模块化和可定制的管道支持dDSB配置文件的定量比较.
- 这种方法有助于理解像Spo11这样的酶在介质重组和基因组组织中的作用.
