活跃的可转移元素的表征及其新插入于茎繁殖的大 (Dioscorea alata) 中
Sajjad Ali Panhwar1, Dandan Wang1, Fanhui Lin1
1School of Breeding and Multiplication (Sanya Institute of Breeding and Multiplication), School of Tropical Agriculture and Forestry, Hainan University, 570228, Haikou, P.R. China.
可转移元素 (TE) 在大中活跃,有助于遗传变异. 这项研究确定了活跃的LTR逆转移子 (LTR-RTs) 和它们的插入位,为了解特征中的TE作用提供了基础.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 植物遗传学 植物遗传学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 大亚姆是热带/亚热带地区的重要主食作物.
- 大的无性繁殖限制了开花和遗传变异.
- 可转移元素 (TE) 在大山羊的遗传多样性中的作用还未得到充分研究.
研究的目的:
- 通过使用基因组和转录组数据,在大中识别活跃的可转移元素 (TE).
- 分析由活性TEs引起的遗传变异.
- 调查特E对更广泛的物种内变异的贡献.
主要方法:
- 从新开始的转录组装和注释.
- 整个基因组和转录组的测序.
- 识别和分析LTR逆转移体 (LTR-RTs) 的子家族.
- 使用再测序数据检测LTR-RT插入位置.
主要成果:
- 可转移元素 (TE) 占转录的0.8-0.9%,其中LTR逆转移子 (LTR-RTs) 主导 (65%).
- 很大一部分TE是非自主性的,大多数TE转录显示出低表达水平.
- 确定了15002个LTR-RT插入位点,在较大的加入中显示出很大的分歧.
- 9%的TEs与基因区域重叠,表明潜在的功能影响.
结论:
- 可转移元素 (TE) 是转录活跃的,并且能够在更大的中转移,尽管表达率低和蛋白质结构不完整.
- 这项研究为研究TE插入多态性 (TIP) 和它们与更大的的表型变异的潜在联系建立了基线.
- 未来的研究应该探索TE在诸如结核产量和抗压能力等特征中的作用.
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