基于单细胞和散装RNA测序的乳腺癌上皮质细胞相关预后风险模型
1General Surgery, Shaoxing Maternity and Child Health Care Hospital, Shaoxing, 312000, Zhejiang, China.
Heliyon
|September 17, 2024
概括
这项研究开发了一种使用乳腺癌 (BRCA) 表皮细胞相关基因的预后风险模型,确定了三个关键基因 (DIRC3,SLC6A2,TUBA3D) 作为患者存活的独立预测因素,并将该模型与免疫细胞透相关联.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 乳腺癌 (BRCA) 仍然是全球癌症相关死亡的主要原因.
- 准确的预后标记对于BRCA个性化治疗策略至关重要.
- 表皮细胞在BRCA的发育和进展中起着重要作用.
研究的目的:
- 构建和验证乳腺癌上皮细胞相关的预后风险模型.
- 确定与BRCA预后相关的关键基因及其与免疫透的关系.
- 评估开发的风险模型的诊断和预后效果.
主要方法:
- 使用公共数据集 (GSE42568,GSE10780,GSE245601,TCGA-BRCA) 进行分析.
- 采用单细胞数据分析来识别与上皮细胞相关的差异表达基因.
- 应用了Venn图,Kaplan-Meier生存分析,共识聚类,LASSO和COX回归来构建和验证预后模型.
- 进行了免疫透分析和qRT-PCR用于基因表达验证.
主要成果:
- 确定了51个表皮和BRCA相关基因之间的核心交叉基因,其中3个基因 (DIRC3,SLC6A2,TUBA3D) 被确定为独立的预后预测因子.
- 构建的风险模型显示了令人满意的诊断效果,并且与预后不佳,免疫和ESTIMATE分数升高相关.
- 共识聚类揭示了与雌激素信号通路调节相关的独特分子亚型.
结论:
- 皮质细胞相关的预后风险模型是乳腺癌患者的有效诊断和独立预后工具.
- 该模型的性能与免疫细胞透有关,这表明了潜在的治疗含义.
- DIRC3,SLC6A2和TUBA3D被证实是乳腺癌预后中的关键基因.
