一种优化的方法以同位素标记"内部"纯合成,以在自下而上的蛋白质组学中进行绝对量化
Nikita Bhakta1,2, Colleen B Maxwell1,2, Shimon Atunde1,2
1Leicester van Geest MS-OMICS Facility, Hodgkin Building, University of Leicester, Leicester, UK.
Rapid communications in mass spectrometry : RCM
|September 17, 2024
概括
研究人员开发了一种高效,低成本的方法,用于使用18O水进行合成的内部重量标签. 这种方法为基于质谱的绝对量化提供了一种经济有效的替代商业重量标准.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 分析化学 分析化学
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- 在基于质谱 (MS) 的自下而上的蛋白质组学中,严格标记的内部标准对于准确的绝对量化至关重要.
- 商业重型标准是昂贵的,并且有很长的交付时间,这限制了它们的广泛采用.
研究的目的:
- 开发一种高效,低成本的内部方法,用于重量标记合成三性.
- 为了减少与获得质谱学重型标准相关的成本和交付时间.
主要方法:
- 利用一种以水为基础的18O素催化氧气交换反应,在合成酸的碳酸末端.
- 开发了一种使用96井板和液体处理机器人进行高通量适应的协议.
- 提供了详细的说明,故障排除技巧和优化策略,以最大限度地提高标签效率.
主要成果:
- 在最佳条件下达到95%至100%的标签效率.
- 证明了内部标记标准的有效性,用于量化内源性的度.
- 该协议可以适应各种实验室设置.
结论:
- 合成的内部重量标签为商业标准提供了一种具有成本效益和节省时间的替代方案.
- 开发的方法具有高效率,可适应性,并产生高的标签效率.
- 该协议促进了基于质谱的蛋白质组学的绝对量化.
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